|
|
Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Cerrados. |
Data corrente: |
13/10/2008 |
Data da última atualização: |
14/11/2008 |
Autoria: |
COSTA, A. M. |
Título: |
Caracterização de regiões de integração de minicírculos de kDNA de Trypanosoma cruzi no genoma humano. |
Ano de publicação: |
2008 |
Fonte/Imprenta: |
2008. |
Páginas: |
165 f. |
Idioma: |
Português |
Notas: |
Tese (Doutorado) - Universidade de Brasília, Brasília. |
Conteúdo: |
A integração de minicírculos de kDNA do Trypanossoma cruzi no genoma hospedeiro foi correlacionada com alterações na expressão gênica. Com a finalidade de caracterizar as regiões híbridas e ampliar o conhecimento biológico realizou-se os isolamentos e clonagens dos minicírculos integrados no genoma de macrófagos humanos em cultura e de tecidos de coelhos chagásicos.
Observou-se instabilidade genética dos segmentos que continham as integrações. As clonagens realizadas em diferentes combinações de vetores e hospedeiras não evitaram os rearranjos. A análise de restrição e o seqUenciamento dos segmentos recuperados mostraram alterações no tamanho e na estrutura do vetor. A técnica de captura desenvolvida no presente estudo permitiu confirmar a instabilidade genética dos minicírculos preferencialmente integrados. A análise de restrição e o seqUenciamento desses fragmentos mostraram que os minicírculos recuperados apresentaram encurtamentos nas regiões variáveis em relação ao padrão descrito na literatura. Verificou-se que o encurtamento ocorreu durante ou após a integração no genoma. As regiões variáveis encurtadas de 50 pb foram recuperadas das linhagens subclonais de macrófago A 11, C4, C6 e coração de coelhos chagásicos. Quando comparadas entre si essas regiões apresentaram similaridade na ordem de 90%. Em relação à região variável 80 pb, recuperada do macrófago C6, a similaridade foi em tomo de 75%. O resultado sugeriu a existência de classes de minicírculos que se integram preferencialmente no genoma hospedeiro.
Foram obtidos clones híbridos estáveis contendo o final da região conservada nas extremidades seguidas pela região variável truncada, fi'agmento de elemento UNE-I, com ou sem a presença de microssatélite. A origem híbrida foi confirmada por fi'agmentação do clone que foi utilizado como sonda na hibridação de macrófagos humanos normais e DNA de T cruzi.
O segmento 87, obtido por captura, apresentou o minicírculo de kDNA com 4 regiões variáveis truncadas, intercaladas por regiões conservadas normais seguidas do microssatélite CA e da região humana com similaridade ao clone murino AC131797.3. A análise "in silico" do segmento 87 mostrou a presença de seqüências regulatórias da expressão gênica. Foram identificadas 9 possíveis ORFs, sendo duas compreendo a região híbrida (ORF1 e 2). Verificou-se nas integrações recuperadas de coração de coelhos chagásicos segmentos similares à região humana encontrada no clone 87, indicando a recorrência dos sítios recombinativos.
A análise "in silico" do clone 87, G I O e das regiões hospedeiras obtidas dos bancos de dados mostrou a presença de estruturas do tipo não 8 nos locais próximos ao ponto de recombinação. A presença da estrutura não 8 no segmento 87 foi confirmada pela alteração na mobilidade eletroforética. Em todos os pontos de entrada do minicírculo no genoma hospedeiro verificou-se a redução da tensão local e aumento da tensão global na região, sugerindo a possibilidade de ocorrência de novos eventos recombinativos envolvendo o segmento. O conjunto das informações indica que a integração é mediada por recombinação homologa mediada por similaridades estruturais presentes no DNA hospedeiro e minicírculo de kDNA. MenosA integração de minicírculos de kDNA do Trypanossoma cruzi no genoma hospedeiro foi correlacionada com alterações na expressão gênica. Com a finalidade de caracterizar as regiões híbridas e ampliar o conhecimento biológico realizou-se os isolamentos e clonagens dos minicírculos integrados no genoma de macrófagos humanos em cultura e de tecidos de coelhos chagásicos.
Observou-se instabilidade genética dos segmentos que continham as integrações. As clonagens realizadas em diferentes combinações de vetores e hospedeiras não evitaram os rearranjos. A análise de restrição e o seqUenciamento dos segmentos recuperados mostraram alterações no tamanho e na estrutura do vetor. A técnica de captura desenvolvida no presente estudo permitiu confirmar a instabilidade genética dos minicírculos preferencialmente integrados. A análise de restrição e o seqUenciamento desses fragmentos mostraram que os minicírculos recuperados apresentaram encurtamentos nas regiões variáveis em relação ao padrão descrito na literatura. Verificou-se que o encurtamento ocorreu durante ou após a integração no genoma. As regiões variáveis encurtadas de 50 pb foram recuperadas das linhagens subclonais de macrófago A 11, C4, C6 e coração de coelhos chagásicos. Quando comparadas entre si essas regiões apresentaram similaridade na ordem de 90%. Em relação à região variável 80 pb, recuperada do macrófago C6, a similaridade foi em tomo de 75%. O resultado sugeriu a existência de classes de minicírculos que se integram p... Mostrar Tudo |
Thesagro: |
Biotecnologia; Clonagem; DNA; Doença de Chagas; Engenharia Genética. |
Categoria do assunto: |
-- |
Marc: |
LEADER 03902nam a2200193 a 4500 001 1570909 005 2008-11-14 008 2008 bl uuuu m 00u1 u #d 100 1 $aCOSTA, A. M. 245 $aCaracterização de regiões de integração de minicírculos de kDNA de Trypanosoma cruzi no genoma humano. 260 $a2008.$c2008 300 $a165 f. 500 $aTese (Doutorado) - Universidade de Brasília, Brasília. 520 $aA integração de minicírculos de kDNA do Trypanossoma cruzi no genoma hospedeiro foi correlacionada com alterações na expressão gênica. Com a finalidade de caracterizar as regiões híbridas e ampliar o conhecimento biológico realizou-se os isolamentos e clonagens dos minicírculos integrados no genoma de macrófagos humanos em cultura e de tecidos de coelhos chagásicos. Observou-se instabilidade genética dos segmentos que continham as integrações. As clonagens realizadas em diferentes combinações de vetores e hospedeiras não evitaram os rearranjos. A análise de restrição e o seqUenciamento dos segmentos recuperados mostraram alterações no tamanho e na estrutura do vetor. A técnica de captura desenvolvida no presente estudo permitiu confirmar a instabilidade genética dos minicírculos preferencialmente integrados. A análise de restrição e o seqUenciamento desses fragmentos mostraram que os minicírculos recuperados apresentaram encurtamentos nas regiões variáveis em relação ao padrão descrito na literatura. Verificou-se que o encurtamento ocorreu durante ou após a integração no genoma. As regiões variáveis encurtadas de 50 pb foram recuperadas das linhagens subclonais de macrófago A 11, C4, C6 e coração de coelhos chagásicos. Quando comparadas entre si essas regiões apresentaram similaridade na ordem de 90%. Em relação à região variável 80 pb, recuperada do macrófago C6, a similaridade foi em tomo de 75%. O resultado sugeriu a existência de classes de minicírculos que se integram preferencialmente no genoma hospedeiro. Foram obtidos clones híbridos estáveis contendo o final da região conservada nas extremidades seguidas pela região variável truncada, fi'agmento de elemento UNE-I, com ou sem a presença de microssatélite. A origem híbrida foi confirmada por fi'agmentação do clone que foi utilizado como sonda na hibridação de macrófagos humanos normais e DNA de T cruzi. O segmento 87, obtido por captura, apresentou o minicírculo de kDNA com 4 regiões variáveis truncadas, intercaladas por regiões conservadas normais seguidas do microssatélite CA e da região humana com similaridade ao clone murino AC131797.3. A análise "in silico" do segmento 87 mostrou a presença de seqüências regulatórias da expressão gênica. Foram identificadas 9 possíveis ORFs, sendo duas compreendo a região híbrida (ORF1 e 2). Verificou-se nas integrações recuperadas de coração de coelhos chagásicos segmentos similares à região humana encontrada no clone 87, indicando a recorrência dos sítios recombinativos. A análise "in silico" do clone 87, G I O e das regiões hospedeiras obtidas dos bancos de dados mostrou a presença de estruturas do tipo não 8 nos locais próximos ao ponto de recombinação. A presença da estrutura não 8 no segmento 87 foi confirmada pela alteração na mobilidade eletroforética. Em todos os pontos de entrada do minicírculo no genoma hospedeiro verificou-se a redução da tensão local e aumento da tensão global na região, sugerindo a possibilidade de ocorrência de novos eventos recombinativos envolvendo o segmento. O conjunto das informações indica que a integração é mediada por recombinação homologa mediada por similaridades estruturais presentes no DNA hospedeiro e minicírculo de kDNA. 650 $aBiotecnologia 650 $aClonagem 650 $aDNA 650 $aDoença de Chagas 650 $aEngenharia Genética
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
Registro original: |
Embrapa Cerrados (CPAC) |
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
URL |
Voltar
|
|
Registro Completo
Biblioteca(s): |
Embrapa Semiárido. |
Data corrente: |
15/09/2017 |
Data da última atualização: |
10/10/2018 |
Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
Circulação/Nível: |
B - 3 |
Autoria: |
ANTUNES, G. dos R.; CARVALHO, B. R.; SULVA, T. R. da; NEIVA, J. N. M.; ARAUJO, G. G. L. de; FERNANDES JUNIOR, P. I. |
Afiliação: |
GABIANE DOS REIS ANTUNES, Doutoranda da UFC; BEATRIZ RODRIGUES CARVALHO, Graduanda da UPE; THAISE ROSA DA SILVA, Graduanda da UPE; JOSÉ NEUMAN MIRANDA NEIVA, Universidade Federal do Tocantins, Araguaína, Tocantins; GHERMAN GARCIA LEAL DE ARAUJO, CPATSA; PAULO IVAN FERNANDES JUNIOR, CPATSA. |
Título: |
Quantification and characterization of putative diazotrophic bacteria from forage palm under saline water irrigation. |
Ano de publicação: |
2017 |
Fonte/Imprenta: |
Revista Geama, Recife, v. 3 n. 4, p. 261-268, out./dez. 2017. |
ISSN: |
2447-0740 |
Idioma: |
Inglês |
Conteúdo: |
The aim of this study was to evaluate the density and phenotypical diversity of diazotrophic endophytic bacteria from the forage palm irrigated with different saline water depths. Opuntia stricta (IPA-200016) received five depths of saline water (L1: 80%. ETo; L2: 60%.ETo; L3: 40%; ETo; L4: 20%; ETo and, L5: 0% ETo, where ETo is the reference evapotranspiration). The roots were collected in the field, disinfected, grounded and serial diluted from 10-1 to 10-4. The total concentration of diazotrophic bacteria was determined by the most probable number method (MPN) and the isolated bacteria were characterized phenotipically. The concentration of bacteria found in forage palm roots ranged from 0.36 x 104 to 09.89 104 cells per gram of root, with highest occurrence on the 60 and 80% ETo. In the dendrogram of similarity it was possible to observe the formation of 24 phenotypic groups with 100% similarity. All bacteria presented similarity superior to 40%. Among these groups, 14 are rare groups, formed by only a single bacterial isolate. In the Semi-Arid conditions, the forage palm that receives the highest amount of saline water, presents a higher density of putative nitrogen-fixing endophytic bacteria with high phenotypic diversity. |
Palavras-Chave: |
Agricultura biossalina; Bactérias endófitas diazotróficas; Biossaline agriculture; Inoculant; Microorganismos. |
Thesagro: |
Água salina; Água salobra; Bactéria; Forragem; Inoculante; Palma forrageira; Salinidade. |
Thesaurus NAL: |
Forage; Microorganisms. |
Categoria do assunto: |
L Ciência Animal e Produtos de Origem Animal |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/163804/1/Paulo-Ivan-2017.pdf
|
Marc: |
LEADER 02316naa a2200361 a 4500 001 2075639 005 2018-10-10 008 2017 bl uuuu u00u1 u #d 022 $a2447-0740 100 1 $aANTUNES, G. dos R. 245 $aQuantification and characterization of putative diazotrophic bacteria from forage palm under saline water irrigation.$h[electronic resource] 260 $c2017 520 $aThe aim of this study was to evaluate the density and phenotypical diversity of diazotrophic endophytic bacteria from the forage palm irrigated with different saline water depths. Opuntia stricta (IPA-200016) received five depths of saline water (L1: 80%. ETo; L2: 60%.ETo; L3: 40%; ETo; L4: 20%; ETo and, L5: 0% ETo, where ETo is the reference evapotranspiration). The roots were collected in the field, disinfected, grounded and serial diluted from 10-1 to 10-4. The total concentration of diazotrophic bacteria was determined by the most probable number method (MPN) and the isolated bacteria were characterized phenotipically. The concentration of bacteria found in forage palm roots ranged from 0.36 x 104 to 09.89 104 cells per gram of root, with highest occurrence on the 60 and 80% ETo. In the dendrogram of similarity it was possible to observe the formation of 24 phenotypic groups with 100% similarity. All bacteria presented similarity superior to 40%. Among these groups, 14 are rare groups, formed by only a single bacterial isolate. In the Semi-Arid conditions, the forage palm that receives the highest amount of saline water, presents a higher density of putative nitrogen-fixing endophytic bacteria with high phenotypic diversity. 650 $aForage 650 $aMicroorganisms 650 $aÁgua salina 650 $aÁgua salobra 650 $aBactéria 650 $aForragem 650 $aInoculante 650 $aPalma forrageira 650 $aSalinidade 653 $aAgricultura biossalina 653 $aBactérias endófitas diazotróficas 653 $aBiossaline agriculture 653 $aInoculant 653 $aMicroorganismos 700 1 $aCARVALHO, B. R. 700 1 $aSULVA, T. R. da 700 1 $aNEIVA, J. N. M. 700 1 $aARAUJO, G. G. L. de 700 1 $aFERNANDES JUNIOR, P. I. 773 $tRevista Geama, Recife$gv. 3 n. 4, p. 261-268, out./dez. 2017.
Download
Esconder MarcMostrar Marc Completo |
Registro original: |
Embrapa Semiárido (CPATSA) |
|
Biblioteca |
ID |
Origem |
Tipo/Formato |
Classificação |
Cutter |
Registro |
Volume |
Status |
Fechar
|
Nenhum registro encontrado para a expressão de busca informada. |
|
|